ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ-ΒΙΟΜΕΤΡΙΑ

Κωδικός Μαθήματος:	ΚΙ0910

Υπεύθυνος Καθηγητής:	Ζιντζαράς Ηλίας, Καθηγητής

Άλλοι Διδάσκοντες:	Δοξάνη Χρυσούλα

ECTS:	2.00

Τύπος|Είδος Μαθήματος:

ΕΠ | ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΉΣ ΠΕΡΙΟΧΉΣ

Εξάμηνο Διδασκαλίας:

13o Εξάμηνο

Ώρες την Εβδομάδα:

2 Ώρες

Συνολικός χρόνος (Ώρες Διδασκαλίας + Φόρτος Εργασίας Φοιτητή)

54 Ώρες

Προαπαιτούμενα:

ΟΧΙ

Γλώσσα Διδασκαλίας:

Ελληνική

Διαθέσιμο για Erasmus:

ΝΑΙ

Διαλέξεις Εξαμήνου:

Σύντομα Διαθέσιμο…

Τρόπος Διδασκαλία:

ΔΙΑΛΕΞΕΙΣ Πρόσωπο με πρόσωπο στο εργαστήριο πληροφορικής του Τμήματος και στο αμφιθέατρο

ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΕΣ ΠΑΡΟΥΣΙΕΣ ΟΧΙ

Διαλέξεις με τη μορφή powerpoint

Σε κάθε μάθημα διενεργούνται εργαστηριακές ασκήσεις σε Η/Υ

Χρήση Τ.Π.Ε. στην επικοινωνία με τους φοιτητές (ιστοσελίδα, e-mail κ.λπ.)

Μέθοδος Αξιολόγησης:

Η αξιολόγηση των φοιτητών γίνεται στα Ελληνικά με γραπτή παρουσίαση εργαστηριακών ασκήσεων/εφαρμογών που παρουσιάστηκαν κατά τις διαλέξεις.

Αντικειμενικοί Στόχοι/Επιδιωκόμενα Αποτελέσματα:

Ο γενικός σκοπός του μαθήματος είναι να εισαγάγει τους φοιτητές στην Βιοπληροφορική και να τους εξοικειώσει με τη χρήση υπολογιστών για τη διαχείριση και ανάλυση γονιδιωματικών και πρωτεϊνομικών δεδομένων, και την ανάκτηση αυτών των δεδομένων από βάσεις δεδομένων του διαδικτύου.

Οι ειδικοί στόχοι του μαθήματος εξειδικεύονται στα παρακάτω επιδιωκόμενα μαθησιακά αποτελέσματα:

Με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος ο φοιτητής / τρια θα είναι σε θέση να:

Να ανάκτησει γονιδιωματικά και πρωτεϊνομικά δεδομένα από βάσεις δεδομένων του διαδικτύου
Να διαχειριστεί και να αναλύσει αυτά τα δεδομένα
Να ανατρέχει με ευχέρεια στις βάσεις βιολογικών και γενετικών δεδομένων στο διαδίκτυο
να ανατρέχει με ευχέρεια στις βάσεις βιβλιογραφικών δεδομένων βιολογικής και ιατρικής έρευνας
να επιλέγει την κατάλληλη βάση ανάλογα με το ερευνητικό ερώτημα
να εξαντλεί όλες τις πληροφορίες που μπορούν να εξάγουν από μια διαδικτυακή βάση δεδομένων

Γενικές Ικανότητες

Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών

Λήψη αποφάσεων

Αυτόνομη εργασία

Ομαδική εργασία

Εργασία σε διεθνές περιβάλλον

Προαγωγή της ελεύθερης, δημιουργικής και επαγωγικής σκέψης

URL Μαθήματος :

http://biomath.med.uth.gr

Περιγραφή Μαθήματος:

Στο μάθημα αυτό επιτυγχάνεται με τη βοήθεια του υπολογιστή
– αναζήτηση Διαδικτυακών τόπω ν βιοπληροφορικής
– Ανάκτηση γενετικών δεδομένων από βάσεις δεδομένων–GenBank
– Ανάλυση νουκλεοτιδικών και αμινοξικών αλληλουχιών
– Ανάλυση αντιστοιχίας αλληλουχιών ανά ζεύγη-FASTA
– Ανάλυση πολλαπλής αντιστοιχίας αλληλουχιών-CLUSTAL
– Πηγές δεδομένων για πρωτεΐνες–SWISSPROT.
– Δευτεροταγείς και σύνθετες βάσεις δεδομένων αλληλουχιών πρωτεϊνών–PROSITE, PRINTS και OWL.
– Σύγκριση δομών πρωτεϊνών με ενδομοριακές και διαμοριακές μέθοδοι
– Κατηγοριοποίηση δομών πρωτεινών-SSAP, CE και CATH.
– Στοιχεία γενετικής ανάλυσης.
– Έλεγχος της συσχέτισης μεταξύ γονιδίων και νόσων.
– Ανάλυση γονιδιωματικών σαρώσεων
– Ανάλυση δεδομένων μικροσυστοιχιών γονιδιακής έκφρασης (Microarrays)

Συνιστώμενη βιβλιογραφία:

Διανέμονται οι διδακτικές σημειώσεις:

Ζιντζαράς Ηλίας (2008) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗΣ ΒΙΟΜΕΤΡΙΑΣ-ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

(διαθέσιμες στην ιστοσελίδα του μαθήματος καθώς και διδακτικό υλικό)

Επιπλέον ενδεικτικά αναφέρεται η ακόλουθη βιβλιογραφία

Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων και πρωτεϊνών (3η έκδοση 2016). Συγγραφέας: Baxevanis AD, Ouellette BFF (Επιμέλεια Ελληνικής Έκδοσης: Χαμόδρακας Σ.Ι.) Εκδοτικός Οίκος: Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου ΑΕ

Εισαγωγή στους αλγόριθμους Βιοπληροφορικής Συγγραφέας: NEIL C. JONES, PAVEL A. PEVZNER (1η/2010) ISBN: 978-960-461-388-5 Εκδότης: ΚΛΕΙΔΑΡΙΘΜΟΣ

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ-ΒΙΟΜΕΤΡΙΑ

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ-ΒΙΟΜΕΤΡΙΑ

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ-ΒΙΟΜΕΤΡΙΑ

Εγγραφείτε στο Newsletter του τμήματος Ιατρικής

Σχετικά

Χρήσιμα

Connect Us